目前梨果实的污染主要来自三个方面，即大气、土壤和农药施用。大气污染主要是大气中的有害气体和粉尘。国家对无公害果品生产地的大气环境有具体的标准和要求；在梨园选址时一定注意，要选择远离大气污染排放源、环境质量符合标准要求的地区建园，以避免大气污染对果实形成的污染。
土壤对果实的污染有三个方面的来源：
一是有害工业废水污染灌溉水源而形成的土壤污染；
二是由于受具体地理、地貌的影响，当地土壤中有害金属元素，如铅、铬、汞等的含量超标，土壤本身不适于无公害果品的生产；
三是果园管理过程中施用农药对土壤造成污染和过量的、片面施用氮肥造成土壤中亚硝酸盐的积累和土壤质地的改变而形成的土壤污染。
在选择园地时只要根据无公害果品生产对土壤环境的具体要求标准，于符合要求的地块建园，就能避免前述两类污染源对果实的污染；由施肥对土壤造成的污染，可以通过增加有机肥施用量、土壤改良、平衡施肥及种植绿肥、果园覆盖等提高土壤有机质的措施得以缓解和控制；而农药对土壤的污染则是土壤污染的最重要来源，也是果树无公害栽培管理过程中必须解决的问题。
长时间、单一性施用广谱性杀虫、杀菌剂，一方面造成病虫害天敌数量的锐减，另一方面由于农药的选择压力、造成有害生物抗性群体的累积。两方面的作用迫使人类在病虫害的防治过程中，不得不增加用药量，而用药量的增加又使得天敌种群的数量进一步减少，对抗性群体的选择压力更大，这就使病虫害防治工作进入了一个恶性循环的怪圈；从而导致农药的施用量逐年加大，对土壤、环境的污染也随之逐年加剧。
生产中因过量施用农药而造成害虫抗药性增加的例子很多，如梨小食心虫和梨木虱对传统的有机磷类杀虫剂和菊酯类杀虫剂的抗性已变得非常明显；梨园中红蜘蛛对有机磷类杀虫、杀螨剂的抗性，使得有机磷类药剂已基本不再具有防治螨类害虫的能力；传统上高抗黑星病的河北雪花梨变成高度感病的品种(而且现在防治雪花梨黑星病比防治鸭梨黑星病的难度要大许多），也被认为是在梨黑星病的防治过程中片面、单一化用药而形成的选择压力的结果。
总结
由于目前我国果园喷药主要是采用常量喷雾的方法，喷施的农药有相当部分直接或经雨水冲涮而流入土壤，造成对土壤及其生态系统的污染。土壤中的农药一方面可对树上果实造成间接污染，另一方面可以通过果园地表水的径流进人河流和湖泊，造成对水系的污染而威胁到整个生态系统。高残毒农药还可以通过生物链的传递而在某些生物体内形成富集，直接威胁到与之相关的其他生物，如高残毒农药六六六对我国北方粮棉产区的污染，在停用20几年后，其污染影响仍然很大。